All'età di 14 anni venne notato dagli osservatori dell'Alianza Lima che lo inserirono nelle giovanili del club[1]. Con la maglia biancoazzurra dell'Alianza debuttò tra i professionisti nel 2001. Restò nel club di Lima sino al 2006, anno in cui si trasferì in Europa per giocare con la squadra francese del Metz. La sua esperienza nel campionato francese durò meno di due anni prima di fare ritorno in patria per giocare nuovamente con l'Alianza. Il 25 maggio 2010 Aguirre passa al club messicano del San Luis con il quale firma un contratto triennale[2]. Nel febbraio 2013 il giocatore torna all'Alianza Lima, la squadra con cui ha debuttato[3].
^(ES) "Zorrito" puro corazón[collegamento interrotto], su ojo.com.pe, Ojo.com.
^UFFICIALE: Allianza Lima, ceduto Wilmer Aguirre al San Luis, su tuttomercatoweb.com.
^(ES) Llegó el transfer de Wilmer Aguirre y podría debutar ante Melgar[collegamento interrotto], su depor.pe, 21 febbraio 2013. URL consultato l'8 marzo 2013.
^ab(ES) Ficha: Trinidad y Tobago 1 - 1 Perú, su espndeportes.espn.go.com, 10 maggio 2006.
^(ES) ¿Sonrisa o mueca?, su dechalaca.com (archiviato dall'url originale il 24 novembre 2010).
^(ES) El beso de la primera vez, su dechalaca.com (archiviato dall'url originale il 24 novembre 2010).
^(EN) Bolivia-Perù 3:0 - Match Report, su fifa.com, FIFA.com. URL consultato il 2 gennaio 2011 (archiviato dall'url originale il 2 settembre 2012).
Collegamenti esterni
(EN) Wilmer Aguirre, su national-football-teams.com, National Football Teams.
(DE, EN, IT) Wilmer Aguirre, su Transfermarkt, Transfermarkt GmbH & Co. KG.
Wilmer Aguirre, su it.soccerway.com, Perform Group.
(FR) Wilmer Aguirre, su lequipe.fr, L'Équipe 24/24.